Aïe, ça commence bien, déjà un nom barbare de scientifique.
Pas tant que ça si l'on se réfère à l'étymologie du mot : nous avons "phylogénie" du grec phylon signifiant la tribu, la race, et gennan signifiant générer, former.
On obtient donc : formation des races, soit formation des espèces, groupes, etc...
De manière plus claire, on peut définir la phylogénie comme l'étude de la formation et de l'évolution des organismes vivants, ainsi que des relations de parenté entre ces organismes.
Comme on fabrique des arbres généalogiques, on fabrique des arbres phylogénétiques avec, aux différents noeuds, le nom de l'ancêtre commun aux descendants de cette ramification.
Sur l'image que vous voyez, vous avez un arbre phylogénétique global, englobant animaux, plantes, champignons et d'autres groupes minoritaires.
On peut remarquer que cette phylogénie est couplée à une échelle temporelle, ce qui n'est pas toujours le cas, mais cela donne une idée de la période à laquelle deux groupes, deux familles ou encore deux espèces ont divergé, autrement dit, ce sont séparés.
Pour que, disons, une espèce puisse se distinguer d'une autre, il faut qu'une innovation évolutive "apparaisse", c'est-à-dire un nouveau caractère qui donne sa spécificité à la nouvelle espèce.
Dans l'exemple de l'espèce, deux individus de deux espèces différentes ne peuvent généralement pas se croiser (se reproduire entre eux).
Définissons quelques termes liés à la phylogénie, afin de mieux pouvoir la comprendre :
. Taxon : ce terme désigne tout simplement une entité censée regrouper tous les organismes vivants possédant en commun certains caractères bien définis. L'espèce constitue le taxon de base de la classification. Plus le rang du taxon est élevé (genre, famille, ordre...) et plus le degré de ressemblance entre les individus regroupés dans le taxon diminue, et inversement.
. N½ud : c'est le point de départ d'une ramification de l'arbre.
. Ancêtre commun : c'est l'individu (le plus souvent inconnu) qui est à l'origine d'une ramification.
. Innovation évolutive ou synapomorphie : c'est un caractère dérivé, "apparu" chez l'ancêtre commun et que l'on retrouve généralement chez tous ses descendants (sauf perte secondaire du caractère, nous en verrons quelques exemples). Ce caractère peut être anatomique, physiologique, biochimique ou encore comportemental.
. Groupe monophylétique : c'est un regroupement d'un ancêtre commun et de tous ses descendants, partageant des caractères dérivés (synapomorphies).
. Groupe paraphylétique : il regroupe un ancêtre et une partie seulement de ses descendants. Un tel groupe est défini par le partage de caractères ancestraux (synplésiomorphies) entre ses taxons. Le groupe des "Reptiles" en est un exemple : les Oiseaux et les Crocodiliens sont plus proches entre eux que des autres Sauropsidés mais les Crocodiliens font partie des "Reptiles", ainsi que les autres Sauropsidés mais pas les Oiseaux.
Bien, je pense qu'avec ces références il vous sera possible de lire correctement un arbre phylogénétique.
Avec un tout petit peu de pratique, ce n'est qu'un jeu d'enfant.